La contaminación de los ríos es un problema antiguo igual que la contaminación ambiental, con el aumento de la población de las ciudades que han nacido a las orillas de los mismos, el volumen de desperdicios tanto orgánicos, producto de desagües cloacales, como químicos, como consecuencias del desarrollo industrial, se incrementó de manera tal que las aguas de los ríos se ven afectadas de tal forma que su composición deja de ser natural, afectando tanto a la fauna y flora que se alimenta de la misma como a los humanos , que la beben .
Tarapoto no es ajeno a este problema; lo vemos quienes por motivos diversos visitamos los ríos Shilcayo ,choclino y Cumbaza que si antes tuvieron aguas claras y limpias, de donde se abastecía la población, hoy como consecuencia de la contaminación como producto del mal actuar de la población que arroja aguas servidas y otros desperdicios a las aguas de dichos ríos, los mismos que están siendo abandonados y corren el riesgo de desaparecer.por negligencia de sus autoridades y pobladores en general.
La contaminación con la red cloacal sin que tenga un tratamiento previo a la llegada al río, es muy común en los países en desarrollo, la recuperación de los ríos. Muchos ríos han sido recuperados gracias a la intervención gente dedicada a este rubro. Deben desarrollarse proyectos, , para preservar las aguas de nuestros ríos para que en un futuro no muy lejano podamos ver otra vez nuestros ríos en buen estado y sean el orgullo de San Martín.