La actual gobernación regional tiene como antecedente la Corporación de Desarrollo de San Martín (CORDESAM), implementada durante el primer gobierno aprista. Su presidente, durante más de cuatro años, fue Demetrio Tafur Ruiz, quien fue secuestrado por integrantes del MRTA, hecho que motivó su renuncia al cargo. Posteriormente, asumió la presidencia Luis Carcovich.
Con el gobierno de Alberto Fujimori, en la década de 1990, se crearon los Consejos Transitorios de Administración Regional (CTAR), organismos encargados de administrar los recursos y conducir la gestión regional mientras se mantenía un modelo centralizado. San Martín recibió presupuestos limitados; sin embargo, durante este periodo se ejecutaron diversas obras de infraestructura, entre ellas la carretera Pongo-Barranquita, el aeropuerto de Tarapoto y los coliseos de Moyobamba y Tarapoto.
Los presidentes del CTAR San Martín fueron Sergio Guerra Chombo (1990-1992), Gonzalo Villavicencio Aguilar (1992-1995), Héctor Valcárcel (1995-1998), Yolanda Rojas (1998-1999) y Juan Carlos del Águila Bartra (1999-2000).
Gonzalo Villavicencio Aguilar falleció en un trágico accidente aéreo ocurrido en la provincia de Picota, mientras ejercía funciones como presidente del CTAR.
Con el ingreso del gobierno de transición de Valentín Paniagua, Guillermo Vásquez asumió la presidencia del CTAR San Martín en 2001. Posteriormente, durante el gobierno de Alejandro Toledo, Carlos Guillena ocupó el cargo y se convirtió en el último presidente del CTAR San Martín, antes de la puesta en marcha del proceso de elección y funcionamiento de los gobiernos regionales.
