Madre de Dios ocupada el segundo lugar en deforestación por minería aurífera en bosques tropicales húmedos de América del Sur, según la publicación Políticas de pequeña minería y deforestación: el caso de Madre de Dios, escrita por Lenin Valencia, investigador de la Sociedad Peruana de Derecho Ambiental (SPDA).
La región abarca una extensión de 85 mil km2, de los cuales casi el 60% del territorio está categorizado como Área Natural Protegida, zonas intangibles donde la minería ilegal ya ha ingresado afectando terriblemente sus ecosistemas, flora y fauna.
Para tratar de controlar la situación, en los últimos años el Gobierno ha impulsado un proceso de formalización de mineros informales – entre otras acciones – pero no han tenido resultados exitosos.
A la fecha 4,000 mineros en Madre de Dios y 60,000 en todo el país aún no han concluido su proceso de formalización.