No se ha escrito aún una historia actualizada de la región San Martín. Existen sí bastantes trabajos sueltos que no se han organizado. Víctor Manuel Noriega Reátegui, presidente regional, estaría interesado en afirmar la identidad regional, como lo declarara públicamente en San José de Sisa, en el primer Encuentro Regional, cuando mi presencia en ese evento se dio porque era aún funcionario de su gestión.
La historia política de la región San Martín comprende su pertenencia a diferentes jurisdicciones territoriales desde la época de la Conquista, periodo bastante documentado donde el hecho más relevante corresponde al trágico y sangriento periplo iniciado por Lope de Aguirre, por la ruta de los Marañones, que comprende, precisamente la zona del Alto Mayo, siguiendo toda su cuenca, y el Huallaga, hasta terminar en el Caribe. La rebeldía de Aguirre ante la corona española sería considerada el primer grito libertador de la América Española.
Por Real Cédula de 1802, se dispone su retorno al Virreinato del Perú del territorio de Maynas –mejor dicho, toda la Amazonía- por las facilidades de comunicación y su poca accesibilidad desde la capital del Virreinato de Santa Fe. El territorio había sido transferido al de Nueva Granada en 1717.
Después de la independencia, por Ley del 21 de noviembre de 1832, al crearse el departamento de Amazonas, desligándose de La Libertad, se constituyen en sus provincias Chachapoyas, Pataz y Maynas. “Se crea por Resolución Suprema el Gobierno Político Militar de Loreto, independiente de Amazonas, con su capital la ciudad de Moyobamba, nombrándose como su primer gobernador al coronel de infantería, don Francisco Alvarado Ortíz” (Luis Tafur Rengifo), a quien por Decreto de 05 de mayo de 1852 le dan facultades especiales. Por Ley del 7 de julio de 1857, se crea la Provincia Litoral de Loreto, acordando la Convención Nacional que Moyobamba sea su capital. En 1859 “el coronel Francisco Javier Meza asume la conducción política de la Provincia Litoral de Loreto, en calidad de Prefecto, siendo el primero en utilizar dicho calificativo”.
Don Ramón Castilla, mediante Decreto del 07 de enero de 1861, crea el Departamento Marítimo Militar de Loreto, para funciones específicas y administrativas, dependiente de la Fuerza Armada. Mediante Decreto Supremo de 07 de febrero de 1866, expedido por Mariano Ignacio Prado, se erige la Provincia Litoral de Loreto, conformado por el Cercado de Moyobamba, Huallaga (capital Tarapoto), Alto Amazonas (capital Balsapuerto) y Bajo Amazonas (Capital Iquitos). El 11 de setiembre de 1868, “el gobierno de del Coronel José Balta, ratifica mediante ley la categoría departamental de Loreto, con su capital Moyobamba.
Por Ley de 25 de noviembre de 1876, promulgado por Mariano Ignacio Prado, se divide la provincia de Huallaga para formar la nueva provincia de San Martín, con su capital Tarapoto. Por ley de 09 de diciembre de 1897, Iquitos pasa a ser capital del Departamento de Loreto, perdiendo Moyobamba los privilegios que hasta entonces tenía; y por Ley N° 201, de 04 de setiembre de 1906, durante el gobierno de José Pardo se crea el departamento de San Martín, con sus provincias de Moyobamba, Huallaga y San Martín. Finalmente, en el gobierno de Alberto Fujimori, el 17 de agosto de 1992 se crea la Región San Martín, y el 08 de diciembre de ese mismo año se promulga la ley que crea la provincia de El Dorado.